Git с разными осями работать будет отличненько, надо только договориться о стандартах в коммитах - например, новая строка через CRLF или LF.
Ну и лучше запилить репозиторий на выделенном сервере, или воспользоваться BitBucket (можно и на гитхабе, но там на бесплатном аккаунте нельзя создавать приватные репозитории), и склонировать его на локальную машину.
И с гитом лучше работать из командной строки, если что. Создание репозитория вообще элементарно:
git init
git add .
git commit -m "Это самый первый коммит :)"
А еще можно поставить польский гит:
https://gist.github.com/piranha/6319369 (это шутка, если что) :)
Просто перекидывать между компами - сработает, но зачем столько геморроя, если любая CVS - хоть SVN, хоть Git, умеет это все делать сама, причем перекидывать только нужное (т.е. измененное), и при этом предупреждать о том, что имеется конфликт - т.е. не получится случайно грохнуть чужие правки.
Просто мой опыт программирования и общения с консолью ограничивается написанием сайта и нескольких программ на вжимал бэйсике в школе, а также вводом кодов в халф-лайф два=)
