можно попроще - написать скрипт вредакторе анимаций добавления рутовой кости, и копирование ей нужжных ключей, и "батчинг"(пакетной обработкой) файлов этим скриптом.
(blender maya mobu на питоне, 3ds max - макскрипт)
(если раньше не писал скрипты в редакторах,
есть вероятность что перелопатить 100 файлов вручную будет быстрее,
а если писал то написание скприта займет полчаса)
а еще попроще - не пользоваться чужими скелетами(!) , а сделать свой со своими потребностями, и если нужно перенести на него нужную анимацию с любых других скелетов.
_________________
we need to go deeper